Recursos computacionales
En el Laboratorio de Genómica Microbiana contamos con los siguientes recursos computacionales.
Biobacter
Biobacter es el servidor bioinformático del CIAD Unidad Mazatlán, que por sus características está dedicado a análisis de secuencias microbianas.
Características
Dell PowerEdge R815 con 64 núcleos (4 AMD Opteron Processor 6272 x 16 cores ea.), 314 MB RAM, 6.4 TB HDD en 6 discos: 1 para el sistema operativo (SSD) dos en RAID para usuarios, 3 para bases de datos y administradores.
Como sistema operativo tiene instalado Ubuntu linux server 20.04.
Veronia
También contamos con un servidor con más capacidad de cómputo. Es un equipo con procesadores ARM, por lo que no todos los programas que corren en un sistema con procesadores x86 (Intel o AMD) pueden funcionar en este.
Características
System76 Starling Pro ARM con 96 núcleos (2 ThunderX_CP 64-bit ARMv8 48 cores ea.), 128 MB RAM, 16 TB RAID. Con sistema operativo Ubuntu server 16.04 LTS 64-bit.
Ion Torrent Server
Servidor para procesamiento y análisis de secuencias provenientes del secuenciador Ion Torrent PGM.
Características
Dell Precision T7500 con 12 núcleos (2 Intel Xeon X5650 2.67GHz, 6 cores ea.), 48 MB RAM, 11 TB RAID, con sistema Ubuntu 10.02.
BacterNAS
Un servidor NAS QNAP TS-853U-RP con 16 TB en RAID para respaldo y otras aplicaciones. Usado para respaldo de información y para compartir archivos.
Respaldo UPS
Los servidores están respaldados por un no-break APC C1500.
Políticas de uso
Por favor atiende las Políticas de uso de nuestros recursos computacionales.
Conexión
Tenemos implementada conexión interna pero también a través de internet por una línea dedicada compartida.
Respaldo
Tenemos un servidor NAS QNAP en el cual vamos regularmente respaldamos (cuando nos acordamos) toda la información guardada en Biobacter. (Nota: aún no esta totalmente implementado por lo que es aconsejable respaldar sus datos en una memoria externa o en su computadora personal).
Considerar que NO respaldaremos archivos .fastq ni temporales, por lo que guarden ustedes una copia de los mismos.
Programas instalados
Además de los programas que trae Biolinux, hemos instalado varios programas especializados para el análisis genómico y metagenómico de procariontes.
Bases de datos
Biobacter también cuenta con las principales bases de datos instaladas, tanto de procariontes como de eucariontes.
Scripts
En Biobacter tenemos varios scripts que facilitarán varias de las tareas; para una lista de los scripts consultar la siguiente página. Algunos ya están disponibles también en Github.