Software

SCRIPTS

Diversos script para manipulación de secuencias

GENÓMICA

Calidad de las lecturas (reads)

• FastQC

Armado de contigs

• Newbler (Linux)

• SPADES (Linux)

• MIRA (Linux)

• Geneious (Comercial. Linux, MacOX, Win)

• CLC (Comercial. Linux, MacOX, Win)

Scaffolding

• Scaffold builder (linux, online)

• Medusa (linux, online)

Anotación automática de genomas

• BAKTA

• RAST server (web)

• NCBI Prokaryotic Genomes Automatic Annotation Pipeline (PGAAP, Web.)

• myRAST (Linux, MacOX, Win)

Comparación de genomas

• Mauve (Linux, MacOX, Win)

• CMG BioTools (Linux- virtual)

• ACT (Linux, MacOX, Win)

• WebACT (web)

• BRIGS (Linux, MacOX, Win)

Fagos

• PhySpy (linux)

Visualización de genomas

• Artemis (Linux, MacOX, Win)

• Geneious (Comercial. Linux, MacOX, Win)

• CLC (Comercial. Linux, MacOX, Win)

• DNAplotter (Java)

• CL genomics (Windows, MacOX)

Publicación de genomas

• Sequin (Linux, MacOX, Win).

METAGENÓMICA

• Anvio

• QIIME (Mac, linux y Win. Análisis de secuencias de 16S)

• STAMP (Mac, linux y Win. Análisis estadísticos de muestras metagenómicas)

Visualización

• Krona (HTML5, firefox)

• GenGIS (Mac, Win)