Software

SISTEMAS OPERATIVOS

• Bio-Linux (NEBC) (sistema operativo en Linux con muchos programas bioinformáticos precargados)
• DNAlinux
• BioSLAX
• Detallada guía de distribuciones de linux para bioinformática

SCRIPTS

Diversos script para manipulación de secuencias

GENÓMICA

Calidad de las lecturas (reads)

• FastQC

Armado de contigs

• Newbler (Linux)
• SPADES (Linux)
• MIRA (Linux)
• Geneious (Comercial. Linux, MacOX, Win)
• CLC (Comercial. Linux, MacOX, Win)

Scaffolding

• Scaffold builder (linux, online)
• Medusa (linux, online)

Anotación automática de genomas

• RAST server (web)
• NCBI Prokaryotic Genomes Automatic Annotation Pipeline (PGAAP, Web.)
• myRAST (Linux, MacOX, Win)

Comparación de genomas

• Mauve (Linux, MacOX, Win)
• CMG BioTools (Linux- virtual)
• ACT (Linux, MacOX, Win)
• WebACT (web)
• BRIGS (Linux, MacOX, Win)

Fagos

• PhySpy (linux)

Visualización de genomas

• Artemis (Linux, MacOX, Win)
• Geneious (Comercial. Linux, MacOX, Win)
• CLC (Comercial. Linux, MacOX, Win)
• DNAplotter (Java)
• CL genomics (Windows, MacOX)

Publicación de genomas

• Sequin (Linux, MacOX, Win).

METAGENÓMICA

• QIIME (Mac, linux y Win. Análisis de secuencias de 16S)
• STAMP (Mac, linux y Win. Análisis estadísticos de muestras metagenómicas)
  • instrucciones para instalación en MacOSX
• Ribosomal Database Project Multiclassifier (Mac, linux. Clasificador taxonómico de secuencias)
• Deconseq (online. Limpieza de secuencias contaminantes)
• TagCleaner (online. Limpieza de barcodes y primers en las secuencias)

Visualización

• Krona (HTML5, firefox)
• GenGIS (Mac, Win)