Mac Silicon

En las nuevas computadoras Mac con procesadores Silicon ARM, es posible correr varios de los programas y scripts necesarios para los ejercicios de la materia de Bioinformática. Será necesarios instalar varios programas directamente en la terminal.

Instalación de programas

Xcode

Este programa es necesario para varios de los procesos que a continuación se enlistan por lo que es indispensable instalarlo primero en caso que no lo tengamos ya en la Mac.

Abrir una terminal y ejecutar el siguiente comando:

xcode-select --install

Puede tardar un tiempo en descargar xcode e instalarlo.

Miniconda

Conda (y Miniconda) es un programa que maneja diferentes ambientes python, es importante su uso debido a que muchos programas de python usan diferentes dependencia que puede contraponerse entre si, por lo que es recomendable crear ambientes para usos de diferentes programas.

En una terminal de Mac ejecutar los siguientes comandos:

mkdir -p ~/miniconda3

curl https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-arm64.sh -o ~/miniconda3/miniconda.sh

bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3

rm ~/miniconda3/miniconda.sh

Miniconda crea por default un ambiente python llamado base en el cual se pueden instalar algunos paquetes pero no es lo recomendable.

Conda es también un manejador de programas python para instalar pero es muy lento, por lo que es necesario instalar MAMBA que es mejor:

conda install mamba

Anvio

Anvio es uno de los programas que más estaremos utilizando ya que es muy versatil y super para genómica, metagenómica, filogenómica y pangenómica.

Para su instalación por favor seguir el siguiente tutorial: Installing anvi'o on Mac OSX

SPAdes

Para ensamblar genomas usaremos SPAdes, lo podemos instalar con Mamba pero si ya instalamos Anvio lo tendremos ya en el ambiente anvio-8. En caso contrario lo podemos instalar así:

mamba install spades

FastQC

FastQC puede descargarse directamente como archivo .dmg, abrirlo y copiarlo a aplicaciones. Será necesario autorizar su ejecución en la Mac en Configuración -> Privacidad y Seguridad.

vsearch

vsearch es un programa muy versatil para una diversidad de manejo de secuencias fasta y fastq.

Descargar el archivo vsearch-2.29.2-macos-aarch64.tar directamente de la página de Github, descomprimirlo y ejecutarlo: vsearch