Bases de datos
El servidor biobacter cuenta con bases de datos útiles para diferentes análisis bioinformáticos, tanto de procariontes como de eucariontes.
Pueden ver la lista completa en la siguiente ruta en: /dbs/
NOTA. SI necesitan instalar otra base de datos, por favor no la pongan en su /home, díganme y la ponemos en donde corresponde. Esto es con el fin de no duplicar bases de datos que pudieran ser de utilidad para varios.
Bases de datos
Bases de datos
Directorio /dbs/ en Biobacter:
.├── anvio_dbs│ ├── anvio5│ ├── anvio6│ │ └── COG│ └── KEEG│ └── HMMs├── btw├── centrifuge├── contaminantes├── deconseq├── diamond_dbs│ └── RAW_DATA_FROM_NCBI├── eggnog├── focus_dbs│ ├── db│ └── focus2│ ├── focus│ └── genomes├── Illumina├── kaiju_dbs│ ├── genomes│ ├── nrdb│ │ └── nr│ ├── nr_euk│ │ └── nr_euk│ ├── nr_euk_2020-05-25│ ├── progenomes│ └── refseq_250619├── lambda│ ├── uniprot_sprot-26-01-2016.fasta.lambda│ ├── uniprot_trembl.fasta.lambda│ └── uniref50.lambda├── lost+found├── metaxa2_db│ ├── LSU│ │ └── HMMs│ └── SSU│ └── HMMs├── NCBI│ ├── COG2020│ ├── COGS│ │ ├── DB_BLAST│ │ ├── DB_DIAMOND│ │ └── RAW_DATA_FROM_NCBI│ ├── nr│ ├── nt│ ├── refseq│ └── COGS_anvio6 -> /db2/anvio_dbs/anvio6/├── PAVE├── pfam│ ├── Gil_et_al│ └── pfam32├── prokaryota│ ├── 16s_type_material│ ├── checkm│ │ ├── distributions│ │ ├── genome_tree│ │ ├── hmms│ │ ├── hmms_ssu│ │ ├── img│ │ ├── pfam│ │ └── test_data│ ├── Ez-LGM│ ├── eztaxon│ │ └── sandbox│ ├── GenA_DB│ │ ├── HG│ │ ├── HGV│ │ └── MLSA│ ├── gold│ ├── greengenes│ │ ├── compiled_db_files│ │ ├── gg_13_8_otus│ │ └── parsed_tax│ ├── GTDB-Tk│ │ └── data.ace.uq.edu.au│ ├── kraken│ │ ├── Kraken_db_install_scripts│ │ ├── minikraken_20141208│ │ └── minikraken_20171019_8GB│ ├── pfam│ ├── RDP│ │ ├── RDP_11.5│ │ ├── RDPClassifier_16S_trainsetNo15_rawtrainingdata│ │ └── RDP_trainingSet│ ├── Vibrionaceae_TS_genomes│ │ └── fasta│ └── vibrios├── prosite│ ├── old_releases│ └── ps_scan├── protist│ ├── v4.10│ ├── v4.11│ ├── v4.12│ ├── v4.5│ └── v4.72├── SILVA│ ├── 128│ ├── 132│ │ ├── mg│ │ ├── qiime│ │ └── SILVA_132_QIIME_release│ ├── 138│ ├── mothur│ ├── RiboPicker│ └── test_V34├── superfocus_db│ ├── clusters│ │ ├── 100_clusters│ │ ├── 90_clusters│ │ ├── 95_clusters│ │ └── 98_clusters│ ├── db│ │ ├── clusters│ │ ├── focus_reduction│ │ ├── static│ │ └── tmp│ └── rapsearch2│ └── db├── trembl├── uniprot_26-01-2016└── worms18S