El servidor biobacter cuenta con bases de datos útiles para diferentes análisis bioinformáticos, tanto de procariontes como de eucariontes.
Pueden ver la lista completa en la siguiente ruta en: /dbs/
NOTA. SI necesitan instalar otra base de datos, por favor no la pongan en su /home, díganme y la ponemos en donde corresponde. Esto es con el fin de no duplicar bases de datos que pudieran ser de utilidad para varios.
Directorio /dbs/
en Biobacter:
.
├── anvio_dbs
│ ├── anvio5
│ ├── anvio6
│ │ └── COG
│ └── KEEG
│ └── HMMs
├── btw
├── centrifuge
├── contaminantes
├── deconseq
├── diamond_dbs
│ └── RAW_DATA_FROM_NCBI
├── eggnog
├── focus_dbs
│ ├── db
│ └── focus2
│ ├── focus
│ └── genomes
├── Illumina
├── kaiju_dbs
│ ├── genomes
│ ├── nrdb
│ │ └── nr
│ ├── nr_euk
│ │ └── nr_euk
│ ├── nr_euk_2020-05-25
│ ├── progenomes
│ └── refseq_250619
├── lambda
│ ├── uniprot_sprot-26-01-2016.fasta.lambda
│ ├── uniprot_trembl.fasta.lambda
│ └── uniref50.lambda
├── lost+found
├── metaxa2_db
│ ├── LSU
│ │ └── HMMs
│ └── SSU
│ └── HMMs
├── NCBI
│ ├── COG2020
│ ├── COGS
│ │ ├── DB_BLAST
│ │ ├── DB_DIAMOND
│ │ └── RAW_DATA_FROM_NCBI
│ ├── nr
│ ├── nt
│ ├── refseq
│ └── COGS_anvio6 -> /db2/anvio_dbs/anvio6/
├── PAVE
├── pfam
│ ├── Gil_et_al
│ └── pfam32
├── prokaryota
│ ├── 16s_type_material
│ ├── checkm
│ │ ├── distributions
│ │ ├── genome_tree
│ │ ├── hmms
│ │ ├── hmms_ssu
│ │ ├── img
│ │ ├── pfam
│ │ └── test_data
│ ├── Ez-LGM
│ ├── eztaxon
│ │ └── sandbox
│ ├── GenA_DB
│ │ ├── HG
│ │ ├── HGV
│ │ └── MLSA
│ ├── gold
│ ├── greengenes
│ │ ├── compiled_db_files
│ │ ├── gg_13_8_otus
│ │ └── parsed_tax
│ ├── GTDB-Tk
│ │ └── data.ace.uq.edu.au
│ ├── kraken
│ │ ├── Kraken_db_install_scripts
│ │ ├── minikraken_20141208
│ │ └── minikraken_20171019_8GB
│ ├── pfam
│ ├── RDP
│ │ ├── RDP_11.5
│ │ ├── RDPClassifier_16S_trainsetNo15_rawtrainingdata
│ │ └── RDP_trainingSet
│ ├── Vibrionaceae_TS_genomes
│ │ └── fasta
│ └── vibrios
├── prosite
│ ├── old_releases
│ └── ps_scan
├── protist
│ ├── v4.10
│ ├── v4.11
│ ├── v4.12
│ ├── v4.5
│ └── v4.72
├── SILVA
│ ├── 128
│ ├── 132
│ │ ├── mg
│ │ ├── qiime
│ │ └── SILVA_132_QIIME_release
│ ├── 138
│ ├── mothur
│ ├── RiboPicker
│ └── test_V34
├── superfocus_db
│ ├── clusters
│ │ ├── 100_clusters
│ │ ├── 90_clusters
│ │ ├── 95_clusters
│ │ └── 98_clusters
│ ├── db
│ │ ├── clusters
│ │ ├── focus_reduction
│ │ ├── static
│ │ └── tmp
│ └── rapsearch2
│ └── db
├── trembl
├── uniprot_26-01-2016
└── worms18S