El análisis de las secuencias de nucleótidos de varios loci (MLSA) implica el concatenar las secuencias de una misma cepa y luego alinearlos con los de otras cepas o especies para obtener una mejor representación de sus relaciones filogenéticas.
El proceso que debemos seguir es:
Concatenación -> Alineamiento -> Trimming -> Dendrograma -> Visualización
El proceso de alineamiento hasta la creación del dendrograma se puede ejecutar con el script MLtree.sh en el servidor biobacter
$ MLtree FILE.fasta
Alinea con MAFFT, limpia el alinemiento con Gblocks y crea un árbol Maximum Likelyhood (GTR 1,000 CAT support) con fasttreeMP.
Genes comunmente usados para la familia Vibrionaceae son: