MLSA

El análisis de las secuencias de nucleótidos de varios loci (MLSA) implica el concatenar las secuencias de una misma cepa y luego alinearlos con los de otras cepas o especies para obtener una mejor representación de sus relaciones filogenéticas.

El proceso que debemos seguir es:

Concatenación -> Alineamiento -> Trimming -> Dendrograma -> Visualización

El proceso de alineamiento hasta la creación del dendrograma se puede ejecutar con el script MLtree.sh en el servidor biobacter

$ MLtree FILE.fasta

Alinea con MAFFT, limpia el alinemiento con Gblocks y crea un árbol Maximum Likelyhood (GTR 1,000 CAT support) con fasttreeMP.

Genes comunmente usados para la familia Vibrionaceae son:

  1. 16S rRNA
  2. ftsZ (cell division protein FstZ)
  3. gapA (glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)
  4. gyrB (DNA gyrase subunit B)
  5. mreB (rod shape-determining protein MreB)
  6. pyrH (uridylate kinase, uridine monophosphate kinase)
  7. recA (protein recA, recombinase A)
  8. rpoA (RNA polymerase alpha-subunit)
  9. topA (DNA topoisomerase I)