Profundidad shotgun
Una pregunta común es ¿Qué profundidad necesito para tener una buena representación de las OTUs en mi muestra? La respuesta depende obviamente de que diversa es la muestra, a mayor diversidad mayor profundidad, pero ésto es difícil estimarlo a priori. Veamos un ejemplo.
Heces humanas
Las heces de mamíferos tienen una alta diversidad. Para ver que tanto se pueden reducir el número de secuencias, se secuenció por shotgun una muestra de heces a 2 millones de secuencias y se obtuvieron submuestras aleatorias hasta 50,000. Éstas se clasificaron con Kraken2 y se calcularon índices de diversidad para ser graficados con ampvis2.
Curva de rarefacción
A los dos millones de secuencias, la cruva empieza a llegar a la asíntota (aumentar el número de secuencias no aumenta significativamente el número de OTUs).
Análisis de componentes principales.
Las muestras de 2, 1 y medio millón de secuencias se agrupan (círculo azul).
Clasificación taxonómica
A pesar que la rarefacción y la agrupación muestran diferencias, los 40 taxones principales encontrados (más abundantes) prácticamente no varían en su abundancia entre los diferentes submuestreos.
Si quisieramos sólo clasificar los taxones más abundantes, con pocas secuencias sería suficiente.
