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Limpieza Secs metagenómicas
Illumina pair-end
Ion Torrent
Genómica
1. Obtención de genomas
2. Ensamble de genomas
Características
Insertos
Validación
Híbrido
3. Scaffold
4. Sintonía de genomas
5. Anotación de genomas
6. Visualización de genomas
7. Identificación genomas
Genómica comparativa
Data handling
Genome atlas
Pan / Core genome
CBS Pan-core plot
Pancore subsets
Panseq
Pangenoma anvio7
Proteomas
Fenotipos
Metagenómica 16S/18S
1. Metadatos
2. Descontaminación
3.1 Quimeras
3.2 Descontaminación
3.3 Dominios
3.4 Eucariontes
3. Clasificación
Comparación DB
Comparación regiones
mg_classifier
Microbioma
mock community
QIIME
OTUs
QIIME 1.5
QIIME.biobacter.sh
RDP
4. Diversidad
5. Visualización
Sankey
FigSankey
Krona
R plot
ampvis2
6. Análisis estadísticos
Paso a paso
Pipeline viejo
Metagenómica shotgun
Anvi'o
Actualizacion de DB
Pasos de Anvi'o
Anvi'o fasta
Instalación de Anvi'o
Visualización
Pathways
Binning
Clasificación funcional
Clasificación taxonómica
Profundidad shotgun
Ensamble
Taxonomía y filogenia
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ANI
Arboles
GBlocks y trimal
MLSA
Filogenómica
Filo-Pangenómica anvio
Id genomas
Análisis OTUs
Transcriptómica
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Análisis datos R
Diferencias estadísticas
Gráficas mejoradas
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Comparación genomas
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Shotgun heces v5
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SARS-CoV-2
Ensamble genoma
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Ensamble E.coli Illumina
Pangenoma anvio
Generalidades Linux
1. Sistema de archivos y ubicación de terminal
2. Creación de directorios y archivos
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Bioinformática microbiana
Pan / Core genome
La obtención del pangenoma o el genoma núcleo (core genome) la podemos obtener con varios programas:
CBS pan core genome plot
Panseq
Pangenomas y filogenómica con Anvi'o
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