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Al obtener número de OTUs por muestra, se pueden calcular índices ecológicos. Se puede analizar la diversidad en la muestra (índice alfa) o entre muestras (índice beta).
Existen varios programas que pueden calcular fácilmente estos índices a partir de una tabla de OTUs, como las que generan los diferentes clasificadores. Algunos índices contemplan que habrá OTUs que solo tienen un "ejemplar" (para nuestro caso, una secuencia), es recomendable que estos "singletons" sean removidos al momento de clasificar por que muy comúnmente son secuencias quiméricas producto dela PCR y por lo tanto no reales OTUS. Por lo tanto, los índices que consideran singletons, como Chao1 y Robbins, no son recomendables.
Programas
Programas
Programas recomendados:
- QIIME (linux, MACOSX)
- PAST (Windows, MACOSX)
- USEARCH (incorporado en una versión de mg_classifier)
mg_classifier ya genera automáticamente índices alfa, beta y rarefacción, mostrados abajo.
Rarefacción
Rarefacción
Una análisis que se puede hacer con la riqueza, es una curva de rarefacción, para saber si se obtuvieron suficientes OTUs con las secuencias obtenidas, o si aún no se obtuvieron todas las OTUs que podrían haberse obtenido.
En la gráfica, se puede apreciar que las muestras con línea azul claro rápidamente se llegó a una asíntota, por mas secuencias que se obtengan, ya no habrá nuevas OTUs; esta es una muestra bien representada y con muy baja diversidad (H = < 3, ver abajo). Las otras muestras azules también tienen suficientes secuencias pero con una mayor diversidad (cercana a 4). Curvas graficadas con PAST.
Índices ALFA
Índices ALFA
Los principales índices alfa (diversidad en la muestra) son:
- Riqueza (S), el número de OTUs por muestra
- Menhinick richness (D)
- Shannon (H)
- Simpson (D)
- Simpson´s Evenness (E)
Índices BETA
Índices BETA
Indices para estimar la disimilitud entre muestras (matriz de distancia), mas que la similitud.
- Jaccard
- Bray-Curtis
- UniFrac
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