Cómo obtener Linux?

En este apartado vamos a revisar generalidades del sistema operativo mas popular para labores de bioinformática y biología computacional: Linux/UNIX. Algunas opciones de sistemas Linux convenientes para bioinformática se presentan en el menú de software -> sistemas operativos. Para elegir alguno en particular, puedes consultar este artículo donde presenta las ventajas y desventajas de distintas distribuciones enfocadas a análisis de datos bioinformáticos

Pero primero: ¿cómo podemos acceder al sistema Linux? Esta es una pregunta frecuente, para lo cual tenemos que responder una serie de preguntas:

  1. ¿Tienes acceso a un servidor de análisis con Linux? - entonces puedes acceder desde Windows o Mac a través de una conección segura llamada SSH via internet (o intranet), y para esto requieres un cliente Putty o Xshell. Estas son aplicaciones ligeras, y sólo requieres de una conexion estable a la red. Sólo es posible acceder a la línea de comandos, lo que requiere cierto entrenamiento en el entorno (shell) de Linux. Recuerda que tu información, datos y ejecución de programas se realizan de forma remota, por lo que tu computadora es una simple terminal remota.
    1. Servidores de bioinformática accesibles via 'grant' que son gratuitos para academia - por ejemplo, Data Intensive Academic Grid de University of Maryland.
    2. Amazon Web Services (AWS) tiene servidores elásticos que funcionan con los recursos que tu requieras (pagas lo que usas!), que son extraordinarias alternativas para cuando requieres muchos recursos (p ej., cientos de Gb de memoria RAM!) esporádicamente. Para muchas tareas (p ej, ensamblaje de genomas o transcriptomas) los precios son comparables a una hamburguesa con papas y refresco: por ejemplo, una instance de 122 Gb RAM y 16 CPUs cuesta 1.3 USD/hora de acción (un transcriptoma eucariota se ensambla en ~ 4 h con estos recursos).
  2. Quieres ejecutarlo de forma local, esporádica, y en forma gráfica, sin cambiar nada de la estructura del disco duro actual? Entonces puedes ejecutarlo en un sistema virtualizador (p ej., Oracle-Virtualbox o VMWare) de sistemas operativos en tu computadora personal. Esta opción es la mas sencilla de acceder, ya que en minutos tendrás un sistema operativo Linux funcionando dentro de tu Windows o Mac, pero también tiene algunas desventajas, ya que desperdicias recursos computacionales en tener dos sistemas operativos funcionando simultaneamente: elhost (tu computadora con Windows) y el guest (el sistema Linux). Sin embargo, son muy recomendables para introducirse al sistema (por ejemplo, este curso!). Algunos programas que pueden ser complicados de instalar por el tipo de dependencias estrictas, o por la forma en la que fueron escritos, brindan opciones de entregarlos en sistemas operativos Linux pre-configurados que se instalan de esta forma (por ejemplo, Qiime).
  3. ¿Quieres instalarlo desde el arranque en alguna computadora personal o emplear una como servidor propio o del laboratorio? Escelente decisión! puedes instalarlo fácilmente siguiendo las recomendaciones de distintos foros. Nosotros hemos tenido muy feliz experiencia con el sistema BioLinux (actualmente versión 8) de NEBC, y las reglas de instalación estan muy bien documentadas en este sitio. Puedes también instalarlo en arranque selectivo (Dual Boot) junto con un sistema Windows, y aquí puedes encontrar un excelente manual paso a paso. Tambien lo puedes instalar en una computadora sencilla con desde 2 núcleos y >4 Gb en RAM.

Sea cual sea tu elección, lo importante es que te integres al uso de Linux en bioinformática -y por qué no, para tu vida cotidiana!- y aproveches las ventajas de un ambiente gratuito, estable, robusto y con soporte por parte de una enorme comunidad.