Creación de directorios y archivos

Vamos a crear un directorio en el cual podamos depositar los programas que emplearemos en esta sesión de entrenamiento en Linux; para esto, ubiquemos la terminal en nuestro $HOME

$ cd home

o también podemos emplear el atajo ~

$ cd ~

En esta ubicación podemos crear un directorio al que podemos nombrar binarios

$ mkdir binarios

para comprobar que lo generamos, entremos en él, y enlistemos el contenido (esto ultimo debe de marcar un contenido vacío

$ cd binarios

$ ls

Una vez localizados en el directorio, podemos descargar un programa para alguna tarea bioinformática. En este punto, haremos uso de FastQC, un programa desarrollado para analizar la calidad de un proyecto de secuenciación en alguna plataforma de secuenciación masiva. este programa lo correremos a manera de ejemplo, empleando datos demostrativos.

Primero, nos situamos en el directorio donde instalaremos los binarios:

$ cd binarios

$ wget “http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip”

este es un programa escrito en lenguaje JAVA )multiplataforma), por lo que no es necesario compilarlo - en otras palabras, prepararlo para el sistema operativo que tengamos -. Simplemente tenemos que descomprimirlo usando UNZIP

$ unzip fastqc_v0.11.5.zip

Después de esto, encontramos que se creó un directorio llamado FastQC; exploremos el contenido mediante el comando ls.

$ ls FastQC