Embedded Files
Para inicializar QIIME solo es necesarios en la terminal ingresar “qiime” y aparece el promp “$ qiime >” si está instalado correctamente. Al terminar la sesión solo hay que escribir “exit” y se regresa al promp normal de Linux ($). Para la versión 1.9 ya no es necesario realizar esto.
Para inicializar QIIME solo es necesarios en la terminal ingresar “qiime” y aparece el promp “$ qiime >” si está instalado correctamente. Al terminar la sesión solo hay que escribir “exit” y se regresa al promp normal de Linux ($). Para la versión 1.9 ya no es necesario realizar esto.
El primer paso revisa si se creó el archivo correctamente. Se dan dos variantes de los comandos dependiendo de la versión de QIIME que se este usando, el USB con la distribución biolinux.MG tiene la versión 1.5, pero los comandos para la última versión (1.9) se anexan al final.
Comprobar archivo de metadatos
$ check_id_map.py -m map.txt -o mapping_outputEl archivo generado (mapping_output) puede verse en firefox. Si no hay problemas, se puede continuar.
Obtención de OTUs
Obtención de OTUs
OTUs
$ pick_otus_through_otu_table.py -i seqs.fna -o otus$ per_library_stats.py -i otus/otu_table.txtResumen de comunidades
$ summarize_taxa_through_plots.py -i otus/otu_table.txt -o wf_taxa_summary -m map.txtCrear un heatmap de las OTUs
$ make_otu_heatmap_html.pyLa creación de un network de las otus es opcional.
$ make_otu_network.py -m map.txt -i otus/otu_table.txt -o otus/OTU_NetworkÍndices de diversidad
Índices de diversidad
ALFA diversity (MUY LENTO!)
Primero es necesario crear un archivo con las métricas a utilizar.
$ (alpha_diversity.py -h) echo "alpha_diversity:metrics shannon,PD_whole_tree,chao1,observed_species" > alpha_params.txtPara obtener los índices alfa.
$ alpha_rarefaction.py -i otus/otu_table.biom -m map.txt -o wf_arare/ -p alpha_params.txt -t otus/rep_set.treBETA diversity
$ beta_diversity_through_plots.py -i otus/otu_table.biom -m map.txt -o wf_bdiv_even146/ -t otus/rep_set.tre -e 146 jackknifed_beta_diversity.py -i otus/otu_table.biom -t otus/rep_set.tre -m map.txt -o wf_jack -e 110 make_3d_plots.py -i wf_bdiv_even146/unweighted_unifrac_pc.txt -m map.txt -t wf_taxa_summary/otu_table_L3.txt --n_taxa_keep 5 -o 3d_biplotRIBOSOMAL DATABASE PROJECT -MULTICLASSIFIER
RIBOSOMAL DATABASE PROJECT -MULTICLASSIFIER
Adicionalmente, se pueden clasificar las lecturas obtenidas con el RDP, que es un clasificador de especies bacterianas (identificación) que usa un archivo fasta y genera un archivo exportable a Excel.
$ java -Xmx1g -jar /opt/rdp/multiclassifier_1.1/MultiClassifier.jar --conf=0.5 --hier_outfile=classification_hier.txt --assign_outfile=classification_detail.txt FILE.fastaPage updated
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