QIIME 1.5

Para inicializar QIIME solo es necesarios en la terminal ingresar “qiime” y aparece el promp “$ qiime >” si está instalado correctamente. Al terminar la sesión solo hay que escribir “exit” y se regresa al promp normal de Linux ($). Para la versión 1.9 ya no es necesario realizar esto.

El primer paso revisa si se creó el archivo correctamente. Se dan dos variantes de los comandos dependiendo de la versión de QIIME que se este usando, el USB con la distribución biolinux.MG tiene la versión 1.5, pero los comandos para la última versión (1.9) se anexan al final.

Comprobar archivo de metadatos

$ check_id_map.py -m map.txt -o mapping_output

El archivo generado (mapping_output) puede verse en firefox. Si no hay problemas, se puede continuar.

Obtención de OTUs

OTUs

$ pick_otus_through_otu_table.py -i seqs.fna -o otus

$ per_library_stats.py -i otus/otu_table.txt

Resumen de comunidades

$ summarize_taxa_through_plots.py -i otus/otu_table.txt -o wf_taxa_summary -m map.txt

Crear un heatmap de las OTUs

$ make_otu_heatmap_html.py

La creación de un network de las otus es opcional.

$ make_otu_network.py -m map.txt -i otus/otu_table.txt -o otus/OTU_Network

Índices de diversidad

ALFA diversity (MUY LENTO!)

Primero es necesario crear un archivo con las métricas a utilizar.

$ (alpha_diversity.py -h) echo "alpha_diversity:metrics shannon,PD_whole_tree,chao1,observed_species" > alpha_params.txt

Para obtener los índices alfa.

$ alpha_rarefaction.py -i otus/otu_table.biom -m map.txt -o wf_arare/ -p alpha_params.txt -t otus/rep_set.tre

BETA diversity

$ beta_diversity_through_plots.py -i otus/otu_table.biom -m map.txt -o wf_bdiv_even146/ -t otus/rep_set.tre -e 146 jackknifed_beta_diversity.py -i otus/otu_table.biom -t otus/rep_set.tre -m map.txt -o wf_jack -e 110 make_3d_plots.py -i wf_bdiv_even146/unweighted_unifrac_pc.txt -m map.txt -t wf_taxa_summary/otu_table_L3.txt --n_taxa_keep 5 -o 3d_biplot

RIBOSOMAL DATABASE PROJECT -MULTICLASSIFIER

Adicionalmente, se pueden clasificar las lecturas obtenidas con el RDP, que es un clasificador de especies bacterianas (identificación) que usa un archivo fasta y genera un archivo exportable a Excel.

$ java -Xmx1g -jar /opt/rdp/multiclassifier_1.1/MultiClassifier.jar --conf=0.5 --hier_outfile=classification_hier.txt --assign_outfile=classification_detail.txt FILE.fasta