3. Descontaminación

Es probable que existan secuencias contaminantes, no 16S rRNA, como producto de varios factores. Es aconsejable eliminar estas secuencias contaminantes antes de continuar con los análisis para no introducir errores y reducir el tiempo de procesamiento de los datos.

Las secuencias contaminantes pueden ser:

1. Quimeras
2. Secuencias eucariones
   1. humanas y virales
   2. 18S ribosomal o 16S (mitocondrial/cloroplastos)

Para eliminar estas secuencias, podemos correr varios programas y scripts.