3.4 Eucariontes

18S ribosomal o 16S mitocondrial o de cloroplastos

Es probable que se amplifiquen algunas secuencias del gen 18S ribosomal de eucariontes o 16s de mitocondrias o cloroplastos, las cuales serían una contaminación y es deseable eliminarlas o separarlas para algún otro análisis. Podemos hacer esta separación haciendo un blast a la base de datos SILVA y generar varios archivos, uno con las secuencias que no tuvieron hits a la base de datos (por lo tanto bacterias o archaeas), otro con las que si tuvieron hits (Eukayota) y otros (ver abajo).

A partir de la versión 1.37 de MGlinux tenemos ya la base de datos SILVA.

PROCEDIMIENTO

Este script usa un archivo con las secuencias de una o varias muestras concatenadas obtenidas del paso de limpieza o mejor, del archivo generado por el script chimera que limpia las quimeras existentes.

$ Eukaryota file.fasta

file.fasta = archivo con las secuencias a limpiar de lecturas eucariontes; puede ser el archivo ya libre de quimeras.

NOTA. Debido a lo intensivo del análisis computacional, se recomienda que se realize en un servidor bioinformático.

El script genera varios archivos de salida:

1. Secuencias pertenecientes a Eukaryota.
2. Secuencias NO pertenecientes a Eukaryota; se pueden continuar los análisis solo con este archivo.
3. Listado de las secuencias con hits a Eukaryota.
4. Listado de los números de acceso y taxonomía de los taxa de Eukaryota que tuvieron hits.
5. Tabla con resultados de usearch (ver detalles).

Si queremos analizar cada una de las muestras por separado, podemos correr el script anterior para cada uno de los archivos limpios de quimeras, lo cual es tediosos, o bien podemos correr una variante del script anterior que procese todos los archivos con terminación .fasta de un directorio.

$ Eukaryota_all.sh