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También es importante considerar que región del gen 16S rRNA (o 18S) se va a analizar, ya que no son igualmente informativas.
Un análisis de una muestra con 200,000 secuencias dio diferentes resultados si se usaron las regiones V3 y V4, o solo la V3 o solo la V4. Se usó el clasificador mg-classifier con la base de datos EzBioCloud.
En general se clasificaron más secuencias usando la región V3 solamente.
El análisis de rarefacción también fue ligeramente diferente.
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