MGlinux

MGlinux es una imagen virtual para correr linux con programas bioinformáticos preinstalados en computadoras con Windows o Mac. Es una excelente plataforma para probar linux y bioinformática. Permite hacer ejercicios con sets de datos reales aunque simplificados. No está pensado en hacer análisis con muchas secuencias (millones) pues está limitada por el espacio del disco y por los recursos compartidos de la computadora.

Tenemos disponible una nueva imagen para ser usada con el virtualizador VirtualBox que tiene el sistema operativo Linux Ubuntu con varios de los programas usados en genómica microbiana y metagenómica, además de varios scripts útiles.

Esta imagen no se recomienda para análisis que requieran muchos recursos para esto es necesario usar un servidor bioinformático como Biobacter.

Principales análisis que se pueden realizar con esta imagen:

• Ensamble de genomas microbianos

• Análisis de  amplicones de 16S y 18S-V9

• Clasificación taxonómica de metagenomas

• Análisis de metagenomas con Anvi'o ver. 8

• Ensamble y análisis de genomas de SARS-CoV2

• Análisis transcriptómicos de bacterias

Nota. Considerar que al ser una imagen virtual se pueden procesar relativamente pocas secuencias (cientos de miles) y/o pocas muestras. El objetivo de esta imagen es para capacitación. Para análisis con mas muestras o millones de secuencias, será imperativo usar un servidor bioinformático.

Para análisis genómicos completos se puede usar la versión anterior MGlinux 1.51. En la próxima versión de MGlinux18 incluiremos también más análisis genómicos.

Instalación

Instalar VirtualBox, importante también instalar el Extension Pack de VirtualBox. Por favor, lean bien las instrucciones de instalación de VirtualBox.

Descargar la imagen apropiada para su sistema operativo (ver arriba) y guardarla en algún lugar de la computadora (Mis documentos, por ejemplo). Importante tener al menos 30GB libres en el disco duro.

Una vez instalado VirtualBox para sistema operativo de 64 bits, solo es necesario importar el archivo .ova desde el menú Archivo -> Importar servicio virtualizado. Cuando termine de importarse, es conveniente en configuración de aumentar la memoria y los CPUs a usar dependiendo de lo que tenga la computadora disponible.

Se recomienda subir a por lo menos 4 Gb RAM y 4 núcleos (CPUs) para computadoras Intel y 8 Gb RAM y 8 núcleos para Mac Silicon (M1-M4).

Una vez importado se puede borrar el archivo .ova

Problemas detectados

Es posible que no funcione VirtualBox por que computadora no tenga permitida la virtualización en el bios del sistema. Para corregir esto es necesario entrar al bios justo cuando se prende la computadora y permitir la virtualización. Para entrar al bios es necesario consultar el manual de cada maquina pues suele variar entre marcas.

En algunas ocasiones marca un error que sugiere reiniciar la computadora, eso a veces soluciona el error.

Programas instalados

Los siguientes programas se encuentran ya instalados y listos para usarse en la imagen virtual MGlinux18.

Licencia de Uso Académico Libre  

Versión 1.0 — 9 de julio de 2025  

Autor: Bruno [Inserte nombre completo o institución]

Este software se pone a disposición de manera libre para fines académicos y educativos. Puede ser utilizado, modificado y compartido bajo las siguientes condiciones:

1. Propósito y Alcance

   Esta licencia otorga permiso para usar el software en contextos tales como:  

   - Investigación académica (individual o colaborativa)  

   - Enseñanza en aula y prácticas de laboratorio  

   - Aprendizaje personal o experimentación técnica  

   Esta licencia *no* permite el uso comercial del software sin autorización explícita del autor.

2. Requisito de Atribución

   Cualquier versión distribuida—original o modificada—debe conservar:  

   - El nombre del autor original  

   - Citación de publicaciones relevantes (si aplica)  

   - Mención clara de que se basa en este trabajo con licencia

3. Distribución y Modificación

   Está permitido copiar, modificar y redistribuir el software, siempre que:  

   - Las versiones modificadas mantengan esta misma licencia (Compartir Igual)  

   - Se documente la naturaleza de las modificaciones  

   - El trabajo derivado continúe usándose en entornos académicos o sin fines de lucro

4. Restricciones Comerciales

   El software no podrá ser vendido, licenciado ni integrado en paquetes comerciales sin permiso escrito del autor. Se podrán hacer excepciones limitadas para proyectos financiados públicamente o respaldados por becas si se aprueban previamente.

5. Renuncia de Garantías

   Este software se proporciona “tal cual”, sin garantías de funcionamiento, precisión, ni adecuación a fines específicos. El autor no asume responsabilidad por daños, pérdidas de datos o consecuencias derivadas del uso de este software.

6. Terminación de la Licencia

   El incumplimiento de cualquiera de las condiciones anteriores podrá dar lugar a la terminación de esta licencia. En tal caso, se deberá cesar inmediatamente el uso y la distribución.

Al usar, modificar o redistribuir este software, usted reconoce que comprende y acepta los términos anteriores.