MGlinux

Tenemos disponible una nueva imagen para ser usada con el virtualizador VirtualBox que tiene el sistema operativo Linux Ubuntu con varios de los programas usados en genómica microbiana y metagenómica, además de varios scripts útiles.

Esta imagen no se recomienda para análisis que requieran muchos recursos para esto es necesario usar un servidor bioinformático como Biobacter.

Especificaciones de la computadora en donde se instalará:

MGlinux18.3

Intel (Windows o Mac viejas): MGlinux18.3.ova 6.48 Gb
Mac Silicon (M1 en adelante): MGlinuxSilicon.ova 9.15 GB

Importante. Revisar muy bien que versión que necesita de acuerdo a la computadora donde se va a instalar.

Nota: al ser una archivo muy grande, puede tardar horas en descargarse desde Google Drive.

Principales análisis que se pueden realizar con esta imagen:

Ensamble de genomas microbianos
Análisis de amplicones de 16S y 18S-V9
Clasificación taxonómica de metagenomas
Análisis de metagenomas con Anvi'o 8
Ensamble y análisis de genomas de SARS-CoV2
Análisis transcriptómicos de bacterias

Nota. Considerar que al ser una imagen virtual se pueden procesar relativamente pocas secuencias (cientos de miles) y/o pocas muestras. El objetivo de esta imagen es para capacitación. Para análisis con mas muestras o millones de secuencias, será imperativo usar un servidor bioinformático.

Para análisis genómicos completos se puede usar la versión anterior MGlinux 1.51. En la próxima versión de MGlinux18 incluiremos también más análisis genómicos.

Instalación

Instalar VirtualBox, importante también instalar el Extension Pack de VirtualBox. Por favor, lean bien las instrucciones de instalación de VirtualBox.

Descargar la imagen apropiada para su sistema operativo (ver arriba) y guardarla en algún lugar de la computadora (Mis documentos, por ejemplo).

Una vez instalado VirtualBox para sistema operativo de 64 bits, solo es necesario importar el archivo .ova desde el menú Archivo -> Importar servicio virtualizado. Cuando termine de importarse, es conveniente en configuración de aumentar la memoria y los CPUs a usar dependiendo de lo que tenga la computadora disponible. Se recomienda subir a por lo menos 4 Gb RAM y 4 núcleos (CPUs).

Problemas detectados

Es posible que no funcione VirtualBox por que computadora no tenga permitida la virtualización en el bios del sistema. Para corregir esto es necesario entrar al bios justo cuando se prende la computadora y permitir la virtualización. Para entrar al bios es necesario consultar el manual de cada maquina pues suele variar entre marcas.

En algunas ocasiones marca un error que sugiere reiniciar la computadora, eso a veces soluciona el error.