6. Visualización
La visualización puede realizarse para una muestra o para varias muestras, para la segunda opción, lo tradicional es usar gráficos de columnas apiladas (stacked), y si es solo una muestra o promedios de muestras, hay visualizaciones mas atractivas.
Varias muestras
EXCEL
El primer paso es generar una gráfica de barras al 100% con las principales otus encontradas para cada muestra, usando la tabla classification.xls se puede hacer fácilmente en excel. No es necesario presentar todas las otus encontradas sino solo las más representativas (p.ej. aquellas superiores a 5%). Para esto hay que sacar el promedio de todo el taxón y ordenarlo de mayor a menor.
mg_classifier ya nos genera una tabla con este ordenamiento para poderla graficar rápidamente con excel u otro programa, es el archivo llamado otus.xls
R
Con R podemos también visualizar los resultados. El script mg_classifier en sus últimas versiones (v1.7.7) genera un archivo (families_plot.csv) con las 15 familias más abundantes listas para ser graficadas con un script en R. También hay uno archivo (phyla_plot.csv) con todos los phyla encontrados y otro con los 15 principales phyla para graficarse (phyla15_plot.csv).
Mas detalles en la subpágina R-plot.
ampvis2
Este programa que corre en R es muy útil para a partir de la tabla de otus y una de metadatos, realizar varios análisis y visualizaciones. El script mg_classifier en sus últimas versiones (v1.8.0) genera un archivo ya con el formato requerido (OTU_table.tsv).
Mas detalles en la subpágina ampvis2.
Una sola muestra
Sankey
Podemos visualizar una muestra o el promedio de varias muestras en un diagrama llamado Sankey o Alluvial, para esto debemos ordenar los datos de los taxones en un formato algo complejo, pero el resultado visualmente es muy bueno (ver figura). Los pasos para realizarlo se describen en la subpágina Sankey.
KRONA
Es un programa para visualizar una sola muestra o el promedio de muestras en forma de pay. Esta diagrama también es creado como html, por lo que es fácil de abrir en un navegador y es altamente interactivo por lo que puede uno ir desglosando cada uno de los niveles taxonómicos. Detalles en la subpágina Krona.