3.2 Descontaminación

El programa Deconseq elimina secuencias contaminantes humanas, virales o de arqueas de una lista de lecturas bacterianas. Debido a que es un proceso lento y utiliza grandes bases de datos, solo está disponible en el servidor Biobacter.

Un descripción de este programa esta en la página oficial de Deconseq.

Utiliza un script para limpiar todas las secuencias que se encuentren en un directorio con terminación .fasta. Estas pueden ser ya libres de quimeras. Por lo que se recomienda usar primero el script chimera_detector.

$ deconseq_all.sh

Este script genera en una nueva carpeta llamada deconseq, dos archivos uno con terminación _clean.fa, que tiene las secuencias limpias y otro _cont.fa con las contaminates.