Genómica

En este tema se verán el análisis de genomas procariontes completos, y comprende:

1. Obtención de genomas

2. Limpieza de lecturas (reads)

3. Ensamble de lecturas en contigs

4. Scaffold de contigs

5. Sintonía de genomas

6. Anotación de genomas

7. Visualización de genomas

8. Identificación de genomas

Pipeline para el análisis de un genoma que realizamos en el Lab de Genómica Microbiana del CIAD.

1. Limpieza de lecturas con nextera_cleaner o genome_seq_cleaner

2. Ensambles del genoma con genome_assembler y scaffold con BESST (BESST_scaffolder)

3. Comparación de ensambles con quast

4. Evaluación del mejor ensamble con checkM

5. Anotación de genes con bakta (bakta_annotator) y/o rast

6. Identificación del genoma con GTDB-tk y/o MIGA

Nota. Todos estos análisis (menos lo que tienen hipervínculo) se pueden realizar en el servidor bioinformático Biobacter del LGM.