Krona
En necesario obtener la información para cada muestra del archivo otus.xls generado por el script de QIIME. Este archivo tiene el valor de otus encontradas para cada muestra de cada taxón, por lo que hay que extraer solo la columna para la muestra que se necesita.
La extracción de los datos para cada muestra se debe realizar a partir de la tabla generada por el script de QIIME y llamada otus.xls; para esto podemos usar el script llamado extracting_tool.sh. Siempre es necesario revisar que las columnas este parejas ya que a veces hay mas taxones que los básicos (p.ej. subespecies). En estos casos hay que eliminar el subtaxón.
Luego importar este texto con el comando que genera un archivo html que puede ser visto con firefox.Tenemos un script que realiza todos estos pasos: extract2krona.sh
El archivo otus.xls generado con el script QIIME.sh puede ser utilizado directamente con el script extract2krona.sh para extraer las muestras a graficar con Krona.
$ extract2krona otus.xlsEn caso que hayamos realizado la clasificación con mg_classifier, entonces debemos usar el script OTUsamples2krona.sh
$ OTUsamples2krona samples-tax.tsvTodas las muestras
Este script sirve bien cuando se tienen pocas muestras y solo se quieren extraer algunas de la tabla de otus, pero si se quieren extraer muchas o todas, hemos implementado una variante que automáticamente genera gráficas de Krona para todas las muestras de una tabla de otus. Este script se llama OTUsamples2krona.sh y funciona con cualquier tabla de otus con el formato arriba mencionado; el script de clasificación mg_classifier genera un archivo (samples-tax.tsv) ya con este formato.
$ OTUsamples2krona samples-tax.tsvEste script genera un subdirectorio llamado krona con todas las gráficas, una para cada muestra presente en el archivo.
Mas información del script en Github.