Proteomas

Comparación de proteomas

Mediante este procedimiento crearemos una matriz para comparar cuanto del proteoma de una cepa esta compartido por las otras cepas y que tanto esta duplicado (genes parálogos). Se consideran genes de la misma familia cuando hay al menos un 50 % de identidad en al menos el 50 % de la longitud de la secuencia (50/50 rule). Usaremos el programa CMG Biotools.

Procedimiento

1. Crear una carpeta y colocar en él todos los archivos multifasta de aminoácidos (.fsa) generados anteriormente.

2. Dentro de esta carpeta, crear una matriz xml.

$ matrix_createConfig > matrix.xml

3. Crear una blast matrix en formato postscript.

$ matrix –cpu 2 matrix.xml > blastmatrix.ps