Actualizacion de DB

Actualización de la base de datos a una nueva versión de Anvio

Si queremos actualizar los datos a la versión de anvio 6.2, por ejemplo, debemos migrar las bases de datos, pero primero activar la nueva versión:

$ conda activate anvio6

Ya activado migrar las bases de datos:

(anvio6)$ anvi-migrate-db -c contigs.db

(anvio6)$ anvi-migrate-db -p SAMPLES-MERGED/PROFILE.db

Volver a correr los hmms:

(anvio6)$ anvi-run-hmms --num-threads 12 -c contigs.db

Y finalmente recrear la taxonomía para los single copy genes:

(anvio6)$ anvi-run-scg-taxonomy -P 2 -T 4 -c contigs.db