Instalación de Anvi'o

Anvio versión 7 ya está instalado en el servidor Biobacter en un ambiente CONDA, para que esté disponible para todos los usuarios y no sea necesario que cada usuario lo instale. Al ser un ambiente de CONDA, será necesario activarlo.

Activación de CONDA en el servidor

En el servidor biobacter tenemos ya instalado Anvio ver.7 en conda, pero hay que dar de alta conda en la cuenta de cada usuario, para esto será necesario realizar los siguientes pasos desde cada cuenta.

Primero hay que revisar que shell de linux estamos usando; el shell es el intérprete del sistema operativo:

$ echo "$SHELL"

Si sale como resultado /bin/bash quiere decir que estamos usando bash como shell, si sale otro (zsh, dash, sh, etc.), recomendamos mejor usar bash como default, pero eso depende ya de los gustos de cada usuario. Para tener bash como default, en caso que se tenga otro:

$ chsh -s /bin/bash

Abrir el archivo de configuración de bash llamado .bashrc con el editor de textos nano (atención, el nombre empieza con un punto; cuando los archivos empiezan con un punto están ocultos pero son editables):

$ nano .bashrc

Ir hasta el final del archivo y escribir o pegar lo siguiente:

. /opt/miniconda/etc/profile.d/conda.sh

Guardar el cambio oprimiendo las teclas Ctrl O al mismo tiempo y salir de nano con Ctrl X

Salir de la cuenta y volver a entrar, y probar si está ya reconocido conda de la siguiente manera:

$ conda activate anvio-7

Si no salen errores y se ve ahora (anvio7) antes del prompt de linux, quedó lista la activación y ya podemos correr Anvio

En caso que lo anterior no funcione

habrá que activar CONDA de la siguiente forma:

Revisar si el archivo .bashrc en su /home y tiene unas líneas al final que empiezan con #>>> conda initialize >>> en caso que si las tenga, habrá que borrar desde esa línea hasta la que tiene: # <<< conda initialize <<< Esto se puede hacer con el programa nano:

$ cd

$ nano .bashrc

Y borrar todo lo que están entre esas líneas, incluidas ellas; salvar, y luego ejecutar:

$ /opt/miniconda/bin/conda init bash

Es necesario también ver si existe el archivo .profile (lleva punto antes del nombre) en el /home también, sino lo hay crearlo:

$ nano .profile

Y pegarle el siguiente código, salvar.

if [ -n "$BASH_VERSION" ]; then

# include .bashrc if it exists

if [ -f "$HOME/.bashrc" ]; then

. "$HOME/.bashrc"

Salir de la terminal y volver a entrar para activar todo.

CONDA en macosx

Para usar Anvio a través de conda podemos en la Mac bajar el Miniconda, que tenga una versión python que no sea 3.7 de aquí, por ejemplo la Miniconda3-4.5.1-MacOSX-x86_64.pkg, darle dos click para instalarla y luego abrir una terminal para proseguir:

Actualizar conda:

$ conda upgrade -n base conda

instalar anvio:

$ conda create -n anvio5 -c bioconda -c conda-forge anvio=5.5.0