GBlocks y trimal

GBlocks elimina sitios divergentes o poco informativos de los alineamientos para obtener un mejor análisis filogenético (Castresana 2000). Se puede realizar online, o más rápidamente en el servidor BIOBACTER con un script.

$ gblocks FILE.fasta -t=d

FILE.fasta Alineamiento de secuencias en formato fasta, se puede usar el archivo generado con MAFFT.

-t= Tipo de secuencia, d nucleótidos, p aminoacidos.

-e= Cambiar la terminación por default (-gb) del archivo de salida, se puede usar cualquiera pero de no mas de 5 caracteres.

El script genera un archivo con terminación -gb (si no se cambió con -e=) que tiene el alineamiento y un archivo html también con un alineamiento pero mas para visualización del resultado.

TrimAL

Otro muy útil script es traimal que tiene mas menos las mismas funciones que GBLOCKS pero quizá con una salida mas gráfica.

$ trimal -in file.aln -out file.ed.aln -fasta -gappyout -html file.ed.trimal.html

file.aln File alineado con cualquier alineador en formato fasta.

-fasta Tipo de archivo de salida (puede ser también -phylip si se desea).

-gappyout Eliminación automática de gaps.

-html Genera un archivo para ver en un explorador