Embedded Files
Obviamente es necesario saber si existen diferencias estadísticas entre una serie de muestras, para esto se puede usar el programa STAMP. QIIME también puede analizar si dos muestras son significativamente diferentes mediante el siguiente comando:
$ beta_significance.py -i otus/otu_table.biom -t otus/rep_set.tre -s p-test -o beta_p-test.txtMas Información en la siguiente liga.
STAMP
STAMP
Este programa corre muy bien en Windows, pero no Mac, es difícil instalarlo y no siempre funciona, por lo que una opción si se tiene una Mac es instalar Windows en VirtualBox y luego instalarlo ahí.
STAMP requiere un archivo con el número de OTUs por taxa por muestra y un archivo de metadatos, ambos archivos de texto separados por tabuladores. El clasificador mg_classifier ya genera un archivo listo para abrir con STAMP, si se uso el marcador 16S genera uno llamado Bacteria.spf y si se usó el 18S uno llamado Eukaryota.spf. Además, genera una versión del archivo si STAMP está corriendo en Windows, bacteria.win.spf
Archivo PROFILE
Archivo PROFILE
El archivo profile no debe tener celdas vacías, rellenarlas con Unclassified. Cambiar Unassigned to Unclassified cuando ocurra y checar que toda la tabla este pareja, igual número de columnas para todos los taxa y muestas.
Ejemplo de archivo profile:
Domain Phylum Class Order Family Genus Species Sample1 Sample2 Sample3 SampleNBacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Escherichia coli 10 15 0 1Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Vibrionales Vibrionaceae Photobacterium damselae 0 1 600 80Archivo Metadata
Archivo Metadata
El archivo para metadatos es muy sencillo, solo tiene que tener el nombre de la muestra en la primer columna y en las demás columnas características que diferencien a las muestras. Debe estar también separado por tabuladores.
Ejemplo de archivo de metadatos, la columna "Source" es irrelevante pues todas las muestras son iguales, se puede eliminar.
Sample Locality Source Organism HealthM1D Mazatlan Snapper 1 DiseasedM1H Mazatlan Snapper 1 HealthyM2D Mazatlan Snapper 2 DiseasedT1D Teacapan Snapper 1 DiseasedT1H Teacapan Snapper 1 HealthyPage updated
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