16S-V3

Tenemos un set de datos provenientes de un estudio sobre uso de dietas altas en grasas en el pez cebra (Danio rerio), cuyos detalles están publicados por un ex estudiante del laboratorio, Navarro-Barrón et al. 2019.

Se secuenciaron amplicones de la región V3 del gen ribosomal 16S provenientes de peces machos (M) alimentados con una dieta basal (MF), una alta en grasas (MC) y una alta en grasas y sobrealimentados (MO). Cuatro muestras de cada uno de los tratamientos. Las secuencias ya están limpias de bases de baja calidad, sin restos de adaptadores ni Ns, y en formato fasta.

Set de datos: danio.tar.gz (7.9 MB)

Metadatos

Sample Diet Tank Fish Food

MC11F Basal 1 1 Low fat

MC12F Basal 1 2 Low fat

MC13F Basal 1 3 Low fat

MC23F Basal 2 3 Low fat

MF11F Basal 1 1 High fat

MF12F Basal 1 2 High fat

MF21F Basal 2 1 High fat

MF23F Basal 2 3 High fat

MO11F Overfed 1 1 High fat

MO13F Overfed 1 3 High fat

MO21F Overfed 2 1 High fat

MO23F Overfed 2 3 High fat


Acciones a realizar

  1. Eliminación de secuencias quiméricas

  2. Clasificación taxonómica

  3. Elaboración de gráficas:

    1. Rarefacción

    2. PCA

    3. Heatmap de principales taxones