4. Clasificación
El análisis de las secuencias se puede realizar por medio de QIIME, RDP, mg_classifier (script propio) o una combinación.
En general de lo que se trata es de asignar un nombre a cada secuencia (clasificar) y luego analizar si existen diferencias entre las muestras analizadas. Es importante considerar con que base de datos se va a realizar la clasificación, ya que esto podría tener un gran impacto en el resultado. Una comparación de clasificar los mismos datos con diferentes bases de datos se encuentra aquí. Pero es necesario seleccionar una región informativa; ver esta comparación.
Sistemas de clasificación
Una detallada explicación del análisis con QIIME se encuentra en la página del WernerLab.
Es importante también considerar incluir en una corrida una comunidad de la cual sabemos su composición (mock community), con el fin de ver si durante el proceso de creación de librerías y secuenciación, tenemos resultados repetitivos. Con este fin, tenemos un ya preparada cuyos detalles se pueden ver aquí.
