Shotgun heces

En esta actividad analizaremos secuencias de cinco metagenomas obtenidos de heces de camarones alimentados con diferentes fuentes de proteína (soya, pollo y un control). Las secuencias fueron obtenidas con obtenidas con la plataforma de secuenciación Illumina Miniseq (2x150) y las muestras están ajustadas, por simplicidad, a 100,000 secuencias cada una, ya están limpias y se encuentran en dos archivos fastq pareados.

Será indispensable haber descargado la imagen virtual Anvio7VM o la Anvio6VM e importarla al VirtualBox.

Una vez dentro de la imagen virtual AnvioXVM, se debe descargar las secuencias a utilizar de la siguiente liga Dietas100K.fastq.tar.gz (133 Mb) o bien bajarla de Figshare. La última imagen virtual (anvio6VM.v1.0.0) tiene un script para descargar los sets de datos; desde la terminal correrlo: download_data Aparecerá un menú con varias opciones de descarga, para este caso será la opción 3.

El archivo contiene cinco carpetas cada una con los dos archivos pair-end de cada muestra, un archivo de metadatos (metadata.txt), una descripción del experimento en formato markdown (Dietas_descripcion.md) y un archivo con la taxonomía de los genes encontrados (gene-calls.tax) .

Los metadatos de las muestras son:

CODE SHRIMP TREATMENT

S04 04 Soy

C08 08 Control

P08 08 Chicken

P18 18 Chicken

S19 19 Soy

Esta actividad se pude realizar siguiendo las instrucciones de la siguiente página: Shotgun heces v7

Para una más completa descripción de los pasos a realizar, consultar esta página.