AnvioVM
Tenemos disponible una imagen para ser usada con el virtualizador VirtualBox que tiene el sistema operativo Linux Lubuntu 14.03 con varios de los programas usados para metagenómica (16S/18S y funcional o shotgun), además de varios scripts útiles.
Esta imagen no se recomienda para análisis que requieran muchos recursos, como metagenómica funcional, para esto es necesario usar un servidor bioinformático como biobacter.
Especificaciones de la computadora en donde se instalará:
Nombre: Anvio6VM
Versión: 1.1.0
Tamaño: 3.02 Gb
Google Drive: anvio6VM.v1.1.0.ova
Nota: al ser una archivo muy grande, puede tardar horas en descargarse.
Nombre: Anvio5VM
Versión: 0.0.3
Tamaño: 3.87 Gb
Google Drive: Anvio5VM.v0.0.3.ova
Nota: al ser una archivo muy grande, puede tardar horas en descargarse.
Se pueden descargar los siguientes archivos para actualizar la máquina virtual:
Rplots_anvioVM.zip Scripts en R para gráficar resultados del análisis de 16S taxonomic fingerprinting
gene-calls_Dietas.tax.gz Archivo con la taxonomía Anvio para el set de datos Dietas
gene-calls_IGT.tax.gz Archivo con la taxonomía Anvio para el set de datos Infant Gut Tutorial
Instalación
una vez instalado Virtualbox para sistema operativo de 64 bits, solo es necesario importar la imagen (.ova) desde el menú Archivo -> Importar servicio virtualizado. Cuando termine de importarse, es conveniente en configuración de aumentar la memoria y los CPUs a usar dependiendo de lo que tenga la computadora disponible. Se recomienda subir a por lo menos 2 Gb RAM y 2 núcleos (CPUs).
Es posible que no funcione Virtualbox porque su computadora no tenga permitida la virtualización en el bios del sistema. Para corregir esto es necesario entrar al bios justo cuando se prende la computadora y permitir la virtualización. Para entrar al bios es necesario consultar el manual de cada máquina pues suele variar entre marcas.
Una vez importado, hay que arrancarlo desde VirtualBox y ya que cargue, descomprimir las bases de datos abriendo una terminal (Ctrl+Alt+T) y ejecutar un script y seguir las instrucciones para descargar sets de datos o bases de datos:
$ download_data
En caso de necesitarse, el password es:
user: anvio
passwd: anvio01
Programas instalados en anvio6VM
conda:
anvio 6.2
Bedtools v2.30.2
bowtie2 2.2.3
cutadapt 1.18
htslib 1.9
ivar 1.0
samtools 1.9
blast+ 2.2.28-2
diamond 0.9.24.125
FastQC 0.11.8
fastp 0.23.2
flash 1.2.11
KronaTools 2.7
hmmr 3.1b1
megahit 1.2.9
SPAdes 3.15.4
muscle 3.8.31
pear 0.9.8
R Studio 1.2.5
seqtk 1.2-r101
TreeViewX 0.5
trim_galore 0.4.2
usearch 10.0.240
vsearch 2.21.1
mg_pipeline
chimera_detector 1.4.1
mg_classifier 1.8.1
pair-end_cleaner 1.0.1
databases (mg_pipeline)
EzBioCloud 1.5
EzBioCloud-LGM 311218
SILVA 132 V3-V4
Programas instalados en anvio5VM
anvio 5.5 (virtualenv)
FOCUS 1.4
jellyfish 2.2.10
blast+ 2.2.28-2
cutadapt 1.18
diamond 0.9.24.125
fastqc 0.11.8
fastx toolkit 0.0.13
flash 1.2.11
KronaTools 2.7
MaxBin 2.2.1
bowtie2 2.2.3
FragGeneScan 1.31
hmmr 3.1b1
idba 1.1.1
megahit 1.1.3
mg_pipeline
chimera_detector 1.4.1
mg_classifier 1.8.1
pair-end_cleaner 1.0.1
databases (mg_pipeline)
EzBioCloud 1.5
EzBioCloud-LGM 311218
SILVA 132 V3-V4
muscle 3.8.31
pairfq 0.17.0
pear 0.9.2
prinseq-lite 0.20.4
R 3.5.1
ampvis2
ggplot2 3.2.1
iNEXT 2.0.17
phyloseq 1.24.2
vegan 2.5.3
RStudio 3.5.1
ribotagger 0.8.0
seqtk 1.3-r106
STAMP 2.1.3
TreeViewX 0.5
trim_galore 0.5.0_dev
usearch 10.0.240
vsearch 2.14.1