Arboles

La creación de árboles filogenéticos, o dendrogramas, se puede realizar con varios programas y un sin fin de algoritmos. Uno de los más aceptados es el algoritmo Maximum Likelihood, sin embargo requiere de mucha capacidad de cómputo por lo que se debe realizar de preferencia en un servidor. Una buena introducción a los análisis filogenéticos esta en la página de Pablo Vinuesa.

fasttreeMP

Fasttree programa es uno de los mas rápidos para calcular dendrogramas; necesitamos un archivo con las secuencias en formato fasta ya alineadas.

$ fasttreeMP -nt -gtr -gamma FILE.aln > FILE.tree

-nt nucleótidos.

-gtr modelo de sustitución General Time Reversible, si no se pone este parámetro, usará el modelo Jukes-Cantor.

-gamma distribución gama de las tasas de variación entre las bases (Gamma20-based likelihood).

FILE.aln Secuencias alineadas.

Este programa crea un archivo en formato newick que puede ser visualizado en prácticamente cualquier programa para árboles.