Actividades
Estas actividades están descritas y próximamente ya solo estarán disponibles en Github, por lo que por favor consúltenlas en la siguiente liga: https://github.com/GenomicaMicrob/curso
El curso comprenderá diferentes actividades a realizarse en clase o de tarea.
Instalación de la imagen virtual MGlinux
Descarga de genomas de GenBank
Ensamble de un genoma de E. coli
Comparación de tres genomas de E. coli
Metagenómica 16S-V4 (heces ratón) o 16S-V3 (heces pez cebra).
Metagenómica funcional (Shotgun de heces de camarón)
Filogenia y pangenoma con anvio
Material curso
El material para el curso se encuentra en Biobacter en la ruta: /raid1/datasets/
Se pueden bajar los sets de datos de Google Drive:
Secuencias de un genoma de E. coli obtenidos con diferentes plataformas.
Genomas ensamblados en formato GeneBank de tres cepas de E. coli.
Secuencias shotgun de heces de camarones alimentados con diferentes dietas.
Secuencias 16S-V4 de heces de ratones a diferentes tiempos.