Análisis OTUs

Casi todos los programas para clasificación taxonómica de muestras al final lo que arrojan es una tabla de OTUs (Operational Taxonomic Units) de una forma u otra. Una tabla de OTUs tiene en las columnas el número de secuencias clasificadas a cada una de las OTUs que están en filas. A veces estas tablas también contienen la taxonomía con el número de OTU o en columnas separadas dependiendo del clasificados que las generó. En otros casos hay un archivo anexo con solo la taxonomía para cada numero de OTU.

La tabla de OTUs puede proceder de análisis de amplicones 16S /18S o bien de metagenómica shotgun y su análisis y graficación es exactamente igual.

Tabla de OTUs mínima separada por tabuladores (tsv). En rojo el nombre de la OTU que es la taxonomía separada por punto y coma; en azul claro el nombre de la muestra; en azul fuerte el número de secuencias clasificadas a cada OTU; en negro la clasificación taxonómica a cada uno de los 7 niveles taxonómicos básicos. 

Domain;Phylum;Class;Order;Family;Genus;Species Sample1 Sample2 Sample3

Archaea;Euryarchaeota;Methanomicrobia;Methanotrichales;Methanotrichaceae;Methanothrix;Methanothrix soehngenii 93716 82998 53942

Bacteria;Pseudomonadota;Gammaproteobacteria;Enterobacterales;Enterobacteriaceae;Atlantibacter;Atlantibacter hermannii 472 286 722

Bacteria;Actinomycetota;Actinomycetes;Micromonosporales;Micromonosporaceae;Micromonospora;Micromonospora sp. WMMD712 3 0 1

Ejemplo de tabla de OTUs separada por tabuladores (tsv). En rojo el nombre de la OTU, normalmente con la estructura OTU_n; en azul claro el nombre de la muestra; en azul fuerte el numero de secuencias clasificadas a cada OTU; en negro la clasificación taxonómica a cada uno de los 7 niveles taxonómicos básicos (negritas).  Este formato es apto para ampvis2.

OTU F3D1 F3D141 F3D142 Kingdom Phylum Class Order Family Genus Species

OTU_1 2 0 130 Bacteria Bacteroidetes Bacteroidia Bacteroidales S24-7_f Unclassified_g Unclassified_s

OTU_2 0 20 0 Bacteria Firmicutes Clostridia Clostridiales Lachnospiraceae Unclassified_g Unclassified_s

OTU_3 1 3 1013 Bacteria Bacteroidetes Bacteroidia Bacteroidales S24-7_f Unclassified_g Unclassified_s

OTU_4 0 56 10 Bacteria Firmicutes Clostridia Clostridiales Ruminococcaceae Unclassified_g Unclassified_s

OTU_5 3 30 200 Bacteria Firmicutes Clostridia Clostridiales Ruminococcaceae GQ175418_g Unclassified_s

Otros programas (Phyloseq, p. ej.) generan una tabla de OTUs sencilla sin clasificación taxonómica y ésta se encuentra en otro archivo.

OTU_ID F3D0 F3D150 F3D9

OTU_1 2 0 0

OTU_2 0 2 0

OTU_3 0 0 3

OTU_4 2 0 0

OTU_5 0 0 0

OTU_ID Domain Phylum Class Order Family Genus Species

OTU_1 Bacteria Firmicutes Clostridia Lachnospirales Lachnospiraceae Unclassified Unclassified

OTU_2 Bacteria Bacteroidota Bacteroidia Bacteroidales Muribaculaceae uncultured_bacterium Unclassified

OTU_3 Bacteria Actinobacteriota Coriobacteriia Coriobacteriales Eggerthellaceae Enterorhabdus Unclassified

OTU_4 Bacteria Firmicutes Clostridia Monoglobales Monoglobaceae Monoglobus Unclassified

OTU_5 Bacteria Firmicutes Clostridia Clostridia_vadinBB60_group uncultured_Clostridiales_bacterium Unclassified Unclassified

Independientemente del formato, todas las tablas de OTUs deberían tener la misma información.

Análisis

Estas tablas de OTUs las podemos importar a R-Studio para su análisis y visualización. Para un ejemplo de visualización con ampvis2 dar click aquí. Es importante tener ya lista también la tabla de metadatos con el formato adecuado, ver aquí.