Nanopore

Limpieza

Las secuencias largas de Oxford Nanopore también debe ser limpiadas y para esto podemos usar el program Porechop, aunque algo viejo sigue siendo muy útil.

$ porechop -i file.fastq.gz -o outfile.fastq.gz -t 4

Porechop buscará adaptadores y barcodes del archivo de entrada (-i file.fastq.gz) y generará un archivo limpio de salida (-o outfile.fastq.gz) usando 4 núcleos (-t 4).

Detalles para el ensamble podemos verlo aquí.