Limpieza secuencias metagenómicas

Las plataformas de secuenciación normalmente entregan las lecturas mas o menos limpias (calidad razonable) pero de varios tamaños. También divididas ya por muestras, ya que en metagenómica se emplean barcodes para secuenciar varias muestras por corrida. Por lo tanto no es necesario dividir las lecturas por muestra (demultiplexing) y solo hay que hacer algunos pasos para poderlas analizar.

La limpieza de las secuencias depende del tipo de secuenciador que se usó ya que éstas pueden ser sencillas o pareadas.

• Ion Torrent

• Illumina pair-end

Siempre es recomendable primero correr fastqc para ver la calidad de las lecturas que se obtuvieron del secuenciador.