MGlinux18
Tenemos disponible una nueva imagen para ser usada con el virtualizador VirtualBox que tiene el sistema operativo Linux Ubuntu 18.04 con varios de los programas usados en genómica microbiana y metagenómica, además de varios scripts útiles.
Esta imagen no se recomienda para análisis que requieran muchos recursos para esto es necesario usar un servidor bioinformático como biobacter.
Especificaciones de la computadora en donde se instalará:
Principales análisis que se pueden realizar con esta imagen:
Ensamble de genomas microbianos
Análisis de amplicones de 16S y 18S-V9
Clasificación taxonómica de metagenomas
Análisis de metagenomas con Anvi'o 8
Ensamble y análisis de genomas de SARS-CoV2
Nota. Considerar que al ser una imagen virtual se pueden procesar relativamente pocas secuencias (cientos de miles) y/o pocas muestras. El objetivo de esta imagen es para capacitación. Para análisis con mas muestras o millones de secuencias, será imperativo usar un servidor bioinformático.
Para análisis genómicos completos se puede usar la versión anterior MGlinux 1.51. En la próxima versión de MGlinux18 incluiremos también más análisis genómicos.
Nombre: MGlinux18.2
Tamaño: 6.48 Gb
Google drive: MGlinux18.2.ova
Nota: al ser una archivo muy grande, puede tardar horas en descargarse.
Instalación
Se recomienda instalar VirtualBox 6.1 y no las nuevas versiones, importante también instalar el Extension Pack de VirtualBox. Por favor, lean bien las instrucciones de instalación de VirtualBox.
Una vez instalado VirtualBox para sistema operativo de 64 bits, solo es necesario importar la imagen (.ova) desde el menú Archivo -> Importar servicio virtualizado. Cuando termine de importarse, es conveniente en configuración de aumentar la memoria y los CPUs a usar dependiendo de lo que tenga la computadora disponible. Se recomienda subir a por lo menos 2 Gb RAM y 2 núcleos (CPUs).
Es posible que no funcione VirtualBox por que computadora no tenga permitida la virtualización en el bios del sistema. Para corregir esto es necesario entrar al bios justo cuando se prende la computadora y permitir la virtualización. Para entrar al bios es necesario consultar el manual de cada maquina pues suele variar entre marcas.
Programas instalados
Los siguientes programas se encuentran ya instalados y listos para usarse en la imagen virtual MGlinux18.
Generales
bedtools v2.31.0
bedtools.static
bioawk
bwa 0.7.17-r1188
cutadapt version 1.15
fastp 0.23.4
FastQC v0.12.1
FLASH-1.2.11-Linux-x86_64
htslib-1.18
iVar version 1.4.2
MAUVE 2015-02-13
MaxBin-2.2.6 (no configurado)
MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static
MultiQC v1.17
pear-0.9.8-bin-64
Quast 5.2.0
R version 4.3.1
RStudio 2023.09.1 Build 494
samtools 1.18
seqtk
SPAdes (en conda anvio-8)
Tablet 1.17.08.17
trim_galore
usearch10.0.240_i86linux32
vsearch-2.8.6-linux-x86_64
Metagenómica
chimera_detector.VM.v1.4.3.sh
databases
mg_classifierVM.v1.8.5.sh
pair-end_cleaner.v1.0
conda 23.9.0
base
anvio-8
focus
Datasets
ecoli.tar.gz
dietas.tar.gz
MiSeqSOP.tar.gz
SARSCoV2.tar.gz
Databases
focus_db.tar.gz
mg_dbs.tar.gz
Scripts
awk_compiler.awk
basic_stats.pl
change_extention.sh
compile_classifications.pl
coverage_calculator.0.0.1.sh
diversity_indexes.v0.0.1.sh
download_data.v1.2.0.sh
extract2krona.sh
fasta_cleaner.v0.0.1.sh
fastagrep.pl
fasta_renamer.v0.0.2.sh
fastq2fasta.v0.1.0.sh
fastq-basic-stats.sh
fastqs_counter.sh
fastq_subsampler.v0.1.0.sh
focus2ampvis.sh
gbk2fasta.pl
maxbin2anvio.sh
multiple_fastq_cleaner.v0.0.2.sh
multiple_fastq_merger-converter.v0.1.1.sh
nextera_cleaner.v0.1.0.sh
OTUsamples2krona.v0.2.3.sh
raw_fastq_cleaner.v0.0.1.sh
run_me_first.sh