MGlinux18

Tenemos disponible una nueva imagen para ser usada con el virtualizador VirtualBox que tiene el sistema operativo Linux Ubuntu 18.04 con varios de los programas usados en genómica microbiana y metagenómica, además de varios scripts útiles.

Esta imagen no se recomienda para análisis que requieran muchos recursos para esto es necesario usar un servidor bioinformático como biobacter.

Especificaciones de la computadora en donde se instalará:

Principales análisis que se pueden realizar con esta imagen:

Nota. Considerar que al ser una imagen virtual se pueden procesar relativamente pocas secuencias (cientos de miles) y/o pocas muestras. El objetivo de esta imagen es para capacitación. Para análisis con mas muestras o millones de secuencias, será imperativo usar un servidor bioinformático.

Para análisis genómicos completos se puede usar la versión anterior MGlinux 1.51. En la próxima versión de MGlinux18 incluiremos también más análisis genómicos.

Nombre: MGlinux18.2

Tamaño: 6.48 Gb

Google drive: MGlinux18.2.ova

Nota: al ser una archivo muy grande, puede tardar horas en descargarse.

Instalación

Se recomienda instalar VirtualBox 6.1 (para Mac) o  VirtualBox 7 para Windows, importante también instalar el Extension Pack de VirtualBox. Por favor, lean bien las instrucciones de instalación de VirtualBox.

Descargar la imagen MGlinux18.2.ova y guardarla en algún lugar de la computadora (Mis documentos, por ejemplo).

Una vez instalado VirtualBox para sistema operativo de 64 bits, solo es necesario importar la imagen (MGlinux18.2.ova) desde el menú Archivo -> Importar servicio virtualizado. Cuando termine de importarse, es conveniente en configuración de aumentar la memoria y los CPUs a usar dependiendo de lo que tenga la computadora disponible. Se recomienda subir a por lo menos 2 Gb RAM y 2 núcleos (CPUs).

Problemas detectados

Es posible que no funcione VirtualBox por que computadora no tenga permitida la virtualización en el bios del sistema. Para corregir esto es necesario entrar al bios justo cuando se prende la computadora y permitir la virtualización. Para entrar al bios es necesario consultar el manual de cada maquina pues suele variar entre marcas.

En algunas ocasiones marca un error que sugiere reiniciar la computadora, eso a veces soluciona el error.

Programas instalados

Los siguientes programas se encuentran ya instalados y listos para usarse en la imagen virtual MGlinux18.

Generales

Metagenómica

conda 23.9.0

Datasets

Databases

Scripts