MGlinux

Tenemos disponible una imagen para ser usada con el virtualizador VirtualBox que tiene el sistema operativo Linux Ubuntu 12.03 con varios de los programas usados en genómica microbiana y metagenómica, además de varios scripts útiles. Esa imagen esta basada en la disponible de QIIME, pero bastante modificada.

Esta imagen no se recomienda para análisis que requieran muchos recursos, como metagenómica funcional, para esto es necesario usar un servidor bioinformático como biobacter.

Especificaciones de la computadora en donde se instalará:

Nombre: MGlinux 1.51

Tamaño: 4.08 Gb

Google drive: MGlinux.v1.51.ova

Otras versiones disponibles

Google Drive: MGlinux.1.46.ova

Figshare: https://figshare.com/s/cf7d4ab482ea87979522 ver1.46

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Nota: al ser una archivo muy grande, puede tardar horas en descargarse.

Instalación

una vez instalado Virtualbox para sistema operativo de 64 bits, solo es necesario importar la imagen (.ova) desde el menú Archivo -> Importar servicio virtualizado. Cuando termine de importarse, es conveniente en configuración de aumentar la memoria y los CPUs a usar dependiendo de lo que tenga la computadora disponible. Se recomienda subir a por lo menos 2 Gb RAM y 2 núcleos (CPUs).

Es posible que no funcione Virtualbox por que computadora no tenga permitida la virtualización en el bios del sistema. Para corregir esto es necesario entrar al bios justo cuando se prende la computadora y permitir la virtualización. Para entrar al bios es necesario consultar el manual de cada maquina pues suele variar entre marcas.

Para actualizar los scripts específicos para los análisis que se pueden realizar en MGlinux consultar la página de SCRIPTS.

Programas instalados

Los siguientes programas se encuentran ya instalados y listos para usarse en la imagen virtual.

Genómica

CMG Biotools 2.2 (parcial)
Mauve 2.3.1
Newbler 2.3
ACT/Artemis 13.0.0
DNAplotter
FastQC 0.10.1
Trim Galore (cutadapt) 0.3.3
myRAST 33.0
Medusa
MUMer
Jspecies 1.2.1
BRIGS 0.95
Prodigal 2.6.1
PEAR - Paired-End reAd mergeR 0.9.10
SPADES 3.8.2
QUAST 4.1
jellyfish 2.2.5

Metagenómica

QIIME 1.9.0
RDP 2.5
STAMP 2.3
Krona tools 2.5
Mothur
focus 0.3

Taxonomía

pyANI
FastTree 2.1.8
FigTree 1.4.2
jModelTest 2.1.10
Mr. Bayes 3.2.6
Mesquite 2.75

Análisis generales

muscle 3.8.31
mafft 7.271
Gblocks 0.91b
blast+ 2.2.25-7

Scripts

Consultar la página de scripts

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